CDC uruchomiło konsorcjum zajmujące się krajową genomiką wirusów

Amerykańskie Centers for Disease Control and Prevention, CDC, utworzyło konsorcjum w celu uruchomienia krajowej sieci laboratoriów sekwencjonowania, co przyspieszy udostępnianie danych o sekwencji SARS-CoV-2 do domeny publicznej. Szybkie udostępnienie otwartych danych sekwencji koronawirusa pomoże w prowadzeniu COVID-19 reakcji na zdrowie publiczne, pobudzanie innowacji i odkryć oraz pogłębianie wiedzy na temat tej i przyszłych pandemii.

To zdjęcie Sekwencjonowanie SARS-CoV-2 na potrzeby reagowania kryzysowego, epidemiologii i nadzoru zdrowia publicznego (SPHERES) konsorcjum, które znacznie rozszerzy wykorzystanie sekwencjonowanie całego genomu (WGS) wirusa COVID-19. SPHERES dostarczy spójne dane sekwencyjne w czasie rzeczywistym do zespołów reagowania na zdrowie publiczne badających przypadki i skupiska COVID-19 w całym kraju.

To nowe konsorcjum pomoże im lepiej zrozumieć, w jaki sposób wirus rozprzestrzenia się, zarówno w kraju, jak iw lokalnych społecznościach. Z kolei lepsze dane pomogą urzędnikom zajmującym się zdrowiem publicznym przerwać łańcuchy transmisji, zapobiegać nowym przypadkom chorób oraz chronić i ratować życie.

„Stany Zjednoczone są światowym liderem w dziedzinie zaawansowanego szybkiego sekwencjonowania genomu. Ten skoordynowany wysiłek w naszych publicznych, prywatnych, klinicznych i akademickich laboratoriach zdrowia publicznego będzie odgrywał kluczową rolę w zrozumieniu transmisji, ewolucji i leczenia SARS-CoV-2. Jestem przekonany, że nasze najlepsze i najbardziej utalentowane umysły współpracują ze sobą, aby pomóc nam ratować życie dzisiaj i jutro ”- powiedział dyrektor CDC Robert Redfield, MD

Śledzenie ewolucji wirusa COVID-19

Dane sekwencji genomowej mogą dać bezprecedensowy wgląd w biologię SARS-CoV-2, wirusa wywołującego COVID-19, i pomóc zdefiniować zmieniający się krajobraz pandemii. Sekwencjonując wirusy z całych Stanów Zjednoczonych, CDC i inne organy ds. Zdrowia publicznego mogą monitorować ważne zmiany w wirusie i wykorzystywać te informacje do kierowania śledzeniem kontaktów, działaniami łagodzącymi skutki zdrowotne i strategiami kontroli zakażeń.

Konsorcjum SPHERES to ambitne przedsięwzięcie mające na celu koordynację krajowego sekwencjonowania genomu SARS-CoV-2, organizując dziesiątki mniejszych, indywidualnych działań w jedną, rozproszoną sieć laboratoriów, instytucji i korporacji. Konsorcjum łączy wiedzę specjalistyczną, technologię i zasoby 40 stanowych i lokalnych wydziałów zdrowia publicznego, kilku dużych laboratoriów klinicznych i ponad dwudziestu współpracujących instytucji z rządu federalnego, środowisk akademickich i sektora prywatnego.

SPHERES ustanowi najlepsze praktyki i uzgodnione standardy danych, przyspieszy udostępnianie otwartych danych oraz utworzy pulę zasobów i wiedzy fachowej, aby pomóc we wprowadzaniu najnowocześniejszych technologii do krajowej reakcji na COVID-19.

Dane SPHERES otwarte, udostępnione

Członkowie konsorcjum są zobowiązani do szybkiego udostępniania sekwencji otwartych. Planują przesłać wszystkie przydatne dane sekwencyjne do publicznych repozytoriów w National Library of Medicine's National Center for Biotechnology Information (NLM / NCBI), Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data (GISAID) i innych publicznych repozytoriach sekwencji. Pomoże to zapewnić, że dane sekwencji wirusów z całych Stanów Zjednoczonych będą szybko dostępne do podejmowania decyzji w zakresie zdrowia publicznego i swobodnie dostępne dla naukowców na całym świecie.

Członkowie konsorcjum to:

Federalne agencje i laboratoria

Centra Kontroli i Prewencji Chorób, Biuro Zaawansowanej Detekcji Molekularnej

Argonne National Laboratory

Agencja Zdrowia Obrony, Globalny zakaźny choroba Obserwacja

Food and Drug Administration

Lawrence Berkeley National Laboratory

Los Alamos National Laboratory

Narodowy Instytut Alergii i Chorób Zakaźnych, Biuro Genomiki i Zaawansowanych Technologii

Narodowy Instytut Norm i Technologii

National Library of Medicine's National Center for Biotechnology Information

Instytut Badań Walter Reed Army

Stanowe / lokalne laboratoria zdrowia publicznego

Arizona

California

Delaware

Dystrykt Kolumbii

Floryda

Hawaje

Maine

Maryland

Massachusetts

Michigan

Minnesota

Karolina Północna

Północna Dakota

Nevada

Nowy Meksyk

I Love New York

Utah

Wirginia

Waszyngton

Wisconsin

Wyoming

Instytucje akademickie

Baylor University

Cornell University

Fred Hutchinson Cancer Research Center

Szkoła Medyczna Mount Sinai

New York University

Uniwersytet Północnej Arizony

University of Buffalo

University of California, Berkeley

University of California w Davis

University of California, Irvine

University of California, Los Angeles

University of California, San Francisco

University of California, Santa Cruz

University of Chicago

University of Maryland

University of Minnesota

Uniwersytet Nebraski

University of New Mexico

uniwersytet Waszyngtoński

Uniwersytet Yale

Korporacje

Diagnostyka firmy Abbott

bioMerieux

Genomika kolorowa

Biofabryka Gingko

ID przezDNA

In-Q-Tel

LabCorp

Jeden kodeks

Technologie Oxford Nanopore

Nauki biologiczne Pacyfiku

Qiagen

Diagnostyka zadań

Zaprawdę nauki przyrodnicze

Nazwy korporacji są podawane wyłącznie w celach informacyjnych, a ich umieszczenie w tym miejscu nie oznacza poparcia dla korporacji ani żadnego z ich produktów lub usług handlowych przez Amerykańskie Centra Kontroli i Zapobiegania Chorobom.

Instytuty zdrowia publicznego lub instytuty badawcze non-profit

Stowarzyszenie Laboratoriów Zdrowia Publicznego

Bill i Melinda Gates Foundation

Szeroki instytut

BioHub Chana Zuckerberga

Instytut Craiga Ventera

Sojusz Zdrowia Publicznego na rzecz epidemiologii genomowej Gen

Badania w Scripps

Laboratorium Jacksona

Translational Genomics Research Institute - North

Fundacja Walder

W ciągu ostatnich sześciu lat program Office of Advanced Molecular Detection CDC inwestował w federalne i stanowe laboratoria zdrowia publicznego, aby rozszerzyć wykorzystanie genomiki patogenów i innych zaawansowanych technologii laboratoryjnych do monitorowania chorób zakaźnych i reagowania na epidemie. Obecna inwestycja konsorcjum ma na celu ratowanie życia podczas pandemii SARS-CoV-2 i przygotowanie Stanów Zjednoczonych i świata na przyszłą reakcję na pandemię.

Aby dowiedzieć się więcej o sekwencjonowaniu genomowym lub pracach CDC nad zaawansowaną detekcją molekularną, odwiedź https://www.cdc.gov/amd/